Gündlingen, mentionnée pour la première fois en l’année 854 comme „Cundininga“, appartenait au couvent de St. Gallen. On a retrouvé des traces de la présence de hauts fonctionnaires des Ducs de Zähringen dans le village au 11ème siècle. Les Margraves de Bade transmirent en 1297 leur pouvoir seigneurial sur la commune à l´ordre de Malte. Le château fort „Alzenach“ devint possession de l’Ordre en 1283 et le domaine qui en dépendait fut racheté par le couvent de moniales de Sulzburg en 1347.

Jusqu'en 1805 Gündlingen appartint à la Commanderie de l´Ordre sise à Heitersheim et par la suite au Grand-duché de Bade. Gündlingen a été rattachée à Breisach le 1er mars 1972.